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El Sur de California es conocido como un punto de acceso de la biodiversidad con su alta gama de tipos de hábitat conteniendo sienes de diferentes especies. A lo largo de este sendero de la laguna ya han visto varios diferentes hábitats incluyendo los humedales costeros, salina, sitios de anidación de arena, el hábitat de marisma en transición, matorral costero (cresta de la barranca), pantano de agua dulce (lagunas de tratamiento), ribereños, los pastizales nativos, y el chaparral mixto del Sur. Cada tipo de hábitat tiene un papel importante en el mantenimiento de la función de ecosistemas costeros. Muchos de los diferentes tipos de hábitats crean hogares especializados para plantas y animales nativos. Esta area especializada que es especifica para cada para cada especie individual es llamada un nicho. Muchas especies son incapaces de adaptarse a nuevos ambientes y si su nicho es destruido, son incapaces de sobrevivir. La laguna de San Dieguito es hogar para muchas especies que están amenazadas y especies que están en peligro que utilizan los hábitats especializados encontrados aquí en la laguna. Por ejemplo pantanos de agua salada provee un hogar a las especies de aves en peligro, a la luz de pies palmoteador.

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